No final do século XIII, o Império Mongol destruiu nações inteiras em sua campanha para conquistar o Oriente.
A ilha de Tsushima é tudo o que resta entre o Japão e uma enorme invasão mongol liderada por um general ardiloso e implacável, Khotun Khan. Em meio à ilha devastada pela primeira onda de ataques mongóis está Jin Sakai, um guerreiro samurai, um dos últimos sobreviventes de seu clã. Ele está decidido a fazer o que for preciso, custe o que custar, para proteger seu povo e recuperar seu lar.
Jin deve deixar de lado as tradições que o moldaram como guerreiro e forjar um novo caminho, o do Fantasma, travando uma guerra atípica pela liberdade de Tsushima.