Otto Malpense e os amigos acreditavam que seu primeiro ano no C.O.V.A. (Centro de Orientação para Vilania Aplicada) fosse se tornar o mais aventureiro e emocionante de suas vidas, e que jamais encontrariam algo parecido em outro colégio. Afinal, uma escolha que só seleciona os melhores, mais rápidos e mais inteligentes alunos da sociedade, que tem os professores mais qualificados e as instalações mais bem-equipadas; é de colocar inveja em qualquer escola particular... Mas eles não poderiam estar mais enganados.
Quando Otto e Wing são liberados do campus (temporariamente!) para irem ao funeral do pai de Wing, não imaginavam que uma armadilha os aguardasse. Tudo faz parte de um plano letal organizado por um novo supervilão, mais cruel do que qualquer um já tenha conhecido, que pretende usar a estrela de C.O.V.A., Otto, para recuperar algo conhecido como Protocolo Soberano – nada importante, somente um dispositivo que pode ajudá-lo a conquistar o mundo. Mas nem sempre as coisas acontecem como previstas Após testemunhar Cypher assassinando um amigo, Otto faz uma promessa de ir até o fim do mundo para se vingar.
Para o plano dar certo, Otto precisa se aliar a um antigo inimigo, Dr. Nero, e assim talvez tenham alguma chance contra o maior vilão de todos os tempos. Será?
Segundo volume da série C.O.V.A., O protocolo soberano dá continuidade às aventuras de Otto, Wing, Shelby, e Laura no Centro de Orientação para Vilania Aplicada.